Ein roter (Story-)Faden führt den Spieler in Beyond Good & Evil durch ein großes Spieluniversum, das frei erkundet und entdeckt werden kann. Innerhalb des Hauptquests besteht jederzeit die Möglichkeit, sich vom eigentlichen Hauptplot zu lösen, um sich einer der zahlreichen Nebenaufgaben zu widmen. So warten beispielsweise eine Rennfahrer-Liga oder spannende Glückspiele darauf, gemeistert zu werden. Schnelle Kämpfe stehen im stetigen Wechsel mit spannenden Schleich-Einlagen wie in Tom Clancy`s Splinter Cell und fordernden Rätseleinlagen. Sämtliche Gameplay-Elemente werden dabei flüssig zu einem einzigen cineastischen Gesamterlebnis zusammengefügt. Keine der Spielvarianten steht alleine für sich, vielmehr verschmelzen sie zu einem Spielerlebnis, das den Spieler auf eine Reise durch unterschiedliche Reiche eines seltsamen und sich immer wieder verändernden Universums schickt, mit dem Ziel vor Augen, eine düstere Verschwörung aufzudecken.