Drei Filme lang hat der prophetische Morpheus, verkörpert durch Laurence Fishburne, den Kampf gegen die Maschinen durchgehalten. In "The Matrix Online" fiel er nun nach einem Aufruf zum Widerstand einem Mörder zum Opfer - und die Matrix-Geschichte geht im Online-Rollenspiel in eine neue Stufe. Am 25. Mai 2005 hatte Morpheus eine spezielle Mission nur für Spieler, deren Charaktere es schon mindestens auf eine Reputation von 45 geschafft haben. Die Mission sollte nur kurze Zeit zur Verfügung stehen - bis zu einem am 26. Mai eingespielten Patch - und den Spielern eine besondere Belohnung spendieren ...